Контекст играет большую роль в правильности написания этих слов. От контекста зависит, как написать предикатное наречие с частицей «не».
Если наречие «непонятно» используется в качестве утверждение, то в таком случае пишется слитно.
Кате было непонятно, как решить эту задачу, но спрашивать у сестры она не хотела.
Мне было страшно исследовать то, что непонятно.
Если в тексте подразумевается отрицание, то пишем «не понятно». Легче всего понять это, когда идет противопоставление с союзом «а».
Лектор говорил не понятно, а какими-то смутными фразами.
Все было не только не понятно, а еще и жутко страшно.
Маленький мальчик говорил что-то неразборчивое, и это было никому не понятно.
Еще одним из способов запомнить правильное написание слова, приведя аналогии правил для слов из других частей речи: не пойму, не поняла, не понятная, не понимающий.